砗磲虫眼的形成原因众说纷纭，普遍说法是因为虫黄藻寄生砗磲内所致，还有一说是因为沉淀海底经年被海里各种微小生物侵袭留下的痕迹，但是尚无权威定论，可以肯定的是:无论什么原因导致砗磲的虫眼出现，虫眼都是砗磲天然特征！就像翡翠中的棉絮一样。

虫眼有两种形态，是玉化砗磲表面的小坑，或者是藏在内部的黑点。虫眼的成因一般认为是虫黄藻寄生在活体砗磲内，以及砗磲在变为化石的过程中遭到海水及海洋生物的侵蚀而成。

尽管虫眼不受待见，但它却恰恰肯定了一个事实：带虫眼的砗磲是天然的，而不是人工粉压料。